Bãi đá san hô Đá Lớn nằm chạy dài theo hướng Bắc - Nam với chiều dài là 8,2 hải lý (15,2 km) nhưng chiều rộng chỉ gần 1 hải lý (1,7 km).[3] Thềm san hô của đảo khép kín, ở bên trong bãi có 1 hồ, lòng hồ có chiều dài khoảng 10 km, chiều rộng khoảng 1 km. Khi thủy triều lên cao toàn bãi ngập nước, khi thủy triều xuống còn 0,5m trên bãi có nhiều đá mồ côi nhô lên khỏi mặt nước.

Trong thời kì 1988-1994, lực lượng Công binh Hải quân Việt Nam đã xây dựng ba nhà lâu bền tại ba điểm đóng quân trên đá Lớn. Đồng thời, họ còn mở một luồng để tàu thuyền có thể đi vào vụng biển của đá Lớn.[4]

Hải quân Việt Nam đã đóng quân tại ba điểm trên đá Lớn, được đặt tên là Đảo Đá Lớn A, B, C, có tọa độ địa lí là (trong ngoặc là tọa độ địa lí ghi trên bia chủ quyền):

• Đảo Đá Lớn A: 10°01′24″B 113°51′17″Đ / 10,02333°B 113,85472°Đ / 10.02333; 113.85472 (10°03′0″B 113°51′45″Đ / 10,05°B 113,8625°Đ / 10.05000; 113.86250)
• Đảo Đá Lớn B: 10°05′58″B 113°51′33″Đ / 10,09944°B 113,85917°Đ / 10.09944; 113.85917 (10°07′0″B 113°52′30″Đ / 10,11667°B 113,875°Đ / 10.11667; 113.87500)
• Đảo Đá Lớn C: 10°00′44″B 113°50′41″Đ / 10,01222°B 113,84472°Đ / 10.01222; 113.84472 (10°00′44″B 113°50′44″Đ / 10,01222°B 113,84556°Đ / 10.01222; 113.84556)

Tại Đảo Đá Lớn A có một sân đỗ trực thăng. Ngoài ra trên mỗi điểm đảo đều có một nhà văn hóa đa năng.